1185 — 1333 года  – это эпоха Камакура. В 1185 году Камакура удалось одержать победу в битве при Данноура, тогда было полностью  разгромлено войско Тайра. Присвоив себе звание сёгуна, то есть  главнокомандующего, им было создано независимое правительство, учреждена собственная штаб-квартира на востоке, точнее в городе Камакура. Так Минамото хотел ослабить императорскую власть. И все же Камакура располагался в экономически отсталом восточном районе страны, это и предопределило падение правления Минамото. Киото тогда все также  продолжал быть наиболее важным экономическим центром. В эпоху правления Камакура была весьма серьезна угроза монгольского нашествия. В 1266 году Ханом Хубилаем были присланы послы, которые потребовали признание власть хана в Японии. Японцы на это ответили  категоричным отказом. В 1274 году началось вторжение монгольских войск с западных берегов Японии, туда прибыл монгольский флот. Войска самураев не были достаточно подготовлены к подобной войне с таким сильным противником, отчего все время несли поражения. И лишь сама природа помогла тогда самураям.  Неожиданно начался тайфун, который потопил под собой свыше 200 монгольских кораблей, предотвратив неизбежное монгольское вторжение. Следующее  вторжение монголов произошло летом 1281 года. Шло оно по аналогичному сценарию. И опять налетевший тайфун разметал  в пух и прах всю монгольскую флотилию, оставшиеся же корабли потопили сами японцами. Камикадзе, «Божественным ветром» называют с тех пор в Японии тайфуны.
1333 — 1573 г.г. Эпоха Муромати, еще называется эпохой двух императорских дворов. Свыше  полувека Южный с Северным Дворами вели ожесточенные войны, направленные друг против друга. В 1333 году экс-император Годайго вернулся в Киото, восстановив свою единоличную власть. Годайго тогда обложил 5%-ым налогом все имущество местных губернаторов, отчего лишил сам себя поддержки от местных администраторов. В 1336 году Асикага решил воспользоваться этим  провалом Годайго, он занял место Киото, утвердив на императорском престоле еще одного представителя Северной части императорского дома. Годайго захватил регалии власти императоры, и бежал с ними на юг в Ёсино.